La plateforme ImageUP propose à ses utilisateurs une formation de base à l’analyse de données de cytométrie en flux à l’aide du logiciel FlowJo.
Cette formation se présente sous la forme d’ateliers pratiques d’une journée (9h-12h ; 14h-18h) en petits groupes (5 personnes maxi) . Trois sessions sont proposées les 17, 22 et 23 juin 2021. Cette formation aura lieu dans la salle informatique -18 du bâtiment B24 (Bâtiment Physique) et sera dispensée par Alice Barbarin, ingénieure au CHU de Poitiers (Laboratoire IRTOMIT, INSERM U1082, Université de Poitiers, équipe IRATI).
Objectifs
- Connaître les principes de la cytométrie de flux conventionnelle (bonnes pratiques, contrôles)
- Maitriser les outils de base de FlowJo pour une analyse des données de cytométrie en flux.
- Savoir retravailler les données de cytométrie (chevauchement spectral, compensation).
- Être capable de faire des analyses automatisées simples (fonction batch simple).
Programme
- Rappel rapide sur les bases de la cytométrie de flux conventionnelle (règles générales, bonnes pratiques), contrôles en CMF (CTRL de compensation + CTRL biologique), seuil de positivité.
- Présentation générale du logiciel et de ses fonctionnalités.
- Présentation des outils de base sur un jeu de données commun :
- Workspace : organisation de l’espace de travail, comment créer / modifier une stratégie d’analyse et l’appliquer. Dessiner des gates, optimisation des échelles, utilisation des groupes (partage de gate).
- Compensation : contrôler et valider la matrice de compensation. Création d’une matrice de compensation en mode automatique.
- Layout Editor : création de rapports graphiques simples (batch, overlay, mise en page)
- Table Editor : création de rapports statistiques simples
- Exportation des données.
